Les annonceurs ne sont pas responsables du contenu de ce site, y compris tout éditorial ou toute critique qui peuvent y être publiés. Pour des renseignements complets et à jour au sujet de tout produit présenté, merci de visiter leur site web. Nous entretenons des relations commerciales avec certains partenaires mentionnés dans nos outils de communication. Bien que nous puissions recevoir une rémunération si vous souscrivez à un produit ou service via nos liens d’affiliation, nos analyses et contenus reposent sur une évaluation objective. †*Des conditions s’appliquent.
La facturation est l’une des obligations incontournables de tout entrepreneur, qu’il soit auto-entrepreneur, freelance, dirigeant de TPE ou de PME. Entre les factures émises, les factures fournisseurs et le suivi des paiements, la gestion administrative peut rapidement mobiliser plusieurs heures par semaine.
Avec son module de facturation intégré, Qonto propose une solution directement reliée au compte pro, pensée pour centraliser la gestion financière au quotidien et offrir une vision en temps réel de la trésorerie. Voici comment fonctionne ce logiciel de facturation en ligne et dans quels cas il peut réellement faire la différence.
Plusieurs évolutions récentes rendent le recours à un outil de facturation de plus en plus stratégique.
La loi anti-fraude TVA de 2018 impose déjà aux entreprises assujetties à la TVA qui encaissent des particuliers via un logiciel de recourir à une solution conforme (inaltérabilité, sécurisation, archivage des données pendant six ans). À partir de septembre 2026, une nouvelle obligation s’ajoute : toutes les entreprises B2B devront passer par une Plateforme Agréée pour émettre et recevoir leurs factures électroniques. Les TPE, PME et micro-entreprises auront jusqu’en septembre 2027 pour s’y conformer en émission.
Au-delà du cadre légal, utiliser un logiciel de facturation permet d’automatiser la numérotation des factures émises, d’éviter les erreurs de TVA et de relier automatiquement les factures aux mouvements bancaires, sans ressaisie manuelle. Pour les entrepreneurs qui souhaitent se concentrer sur leur activité plutôt que sur l’administratif, c’est un levier d’organisation concret.
Là où la plupart des logiciels de facturation fonctionnent de manière indépendante, l’outil Qonto est directement intégré à l’interface du compte professionnel. Les factures émises sont automatiquement reliées aux mouvements bancaires, les paiements reçus rapprochés en temps réel, et le tableau de bord centralise facturation et trésorerie — sans double saisie.
Cette intégration bancaire est le vrai différenciateur de la solution : plutôt que de multiplier les fonctionnalités sectorielles, Qonto mise sur la cohérence entre facturation et gestion du compte pro. L’outil ne remplace pas un logiciel de comptabilité complet, mais il couvre l’essentiel des besoins des petites structures.
L’accès au logiciel de facturation est entièrement gratuit, même sans compte pro Qonto. Les forfaits bancaires démarrent à 9 € HT/mois et ajoutent des fonctionnalités comme les liens de paiement intégrés aux factures ou des options avancées de gestion des dépenses.
Le logiciel de facturation est accessible depuis le navigateur web ou l’application mobile Qonto, sans téléchargement.
Chaque facture peut inclure le logo et les couleurs de l’entreprise, les mentions légales obligatoires, la gestion de la TVA et les conditions de paiement. La numérotation séquentielle est automatisée, ce qui sécurise les documents comptables en cas de contrôle fiscal. Les factures émises sont envoyées directement au client et suivies depuis le tableau de bord.
Dès qu’un client règle une facture, le paiement apparaît dans les mouvements bancaires et la facture est automatiquement marquée comme payée. Le tableau de bord centralise les factures en attente, les retards de paiement et les encaissements confirmés, pour garder une vision claire de sa trésorerie en un coup d’œil.
C’est sur la gestion des factures fournisseurs que la solution de facturation intégrée de Qonto se distingue le plus clairement des outils de facturation classiques.
Les factures fournisseurs peuvent être importées manuellement, transmises par e-mail ou récupérées automatiquement auprès de plus de 11 000 fournisseurs connectés. Grâce à la technologie OCR (reconnaissance optique de caractères), les données essentielles (IBAN du fournisseur, montant HT/TTC, TVA, date d’échéance) sont extraites automatiquement. La facture est ensuite associée au mouvement bancaire correspondant et centralisée dans les documents comptables.
Une fois la facture analysée, Qonto prépare automatiquement le virement correspondant. Il est possible de programmer le paiement à l’échéance ou d’effectuer un virement instantané. Le tableau de bord affiche en temps réel les échéances à venir, ce qui limite les retards de paiement et les pénalités associées.
Pour les structures qui délèguent, Qonto permet d’attribuer des droits d’accès spécifiques à un collaborateur pour la validation des factures fournisseurs, tout en conservant un circuit d’approbation. Pour des besoins d’automatisation comptable plus avancés, la solution Regate by Qonto peut compléter ce module.
En reliant les factures aux mouvements bancaires réels, l’outil de facturation de Qonto contribue à limiter les incohérences entre facturation et encaissements. Un levier anti-fraude concret face aux risques de fraudes à la TVA ou d’usurpation d’identité. Les documents comptables sont conservés sur la plateforme avec valeur légale, conformément aux exigences réglementaires en matière d’archivage.
La sécurité repose sur une authentification forte, une traçabilité complète des opérations et des certifications reconnues (ISO 27001, SecNumCloud), dans le respect du RGPD.
La réforme impose aux entreprises de choisir une Plateforme Agréée (PA) — opérateur privé certifié par la Direction Générale des Finances Publiques (DGFiP) — pour émettre, recevoir et transmettre leurs factures électroniques à l’administration fiscale.
Qonto est officiellement immatriculée en tant que Plateforme Agréée n° 23. La plateforme prend en charge les principaux formats de facturation électronique reconnus par la réglementation française et européenne (notamment Factur-X, CII ou UBL) et assure la compatibilité avec l’ensemble des autres plateformes agréées du marché. La facturation électronique est incluse sans surcoût dans tous les forfaits et peut être activée directement depuis le compte. L’e-reporting, c’est-à-dire la transmission automatique des données de transaction à l’administration fiscale, est également pris en charge par la plateforme.
Pour les TPE et PME, cela permet d’anticiper la transition vers la facturation électronique sans avoir à changer d’outil à l’approche des échéances de 2026 et 2027.
Qonto ne remplace pas un logiciel de comptabilité complet, mais il se connecte directement avec les principaux outils du marché : Pennylane, Sage, Axonaut, Dext, MyUnisoft, Tiime, entre autres. Les données sont synchronisées automatiquement, y compris via le protocole EBICS pour les structures plus importantes.
L’expert-comptable peut accéder directement à l’espace Qonto ou recevoir un export structuré compatible avec son logiciel. Ce rapprochement automatique entre factures et transactions bancaires élimine la saisie manuelle et réduit les risques de justificatif manquant à la clôture comptable.
Pour comparer les offres bancaires professionnelles disponibles sur le marché, consultez notre guide des banques en ligne pour entreprise ou notre classement des meilleures banques pros en France.
Enfin, l’application mobile Qonto donne accès à l’ensemble du module de facturation : création d’une facture, suivi d’un paiement, téléchargement d’une facture fournisseur ou consultation du tableau de bord. Pour les indépendants et les dirigeants souvent en déplacement, cette disponibilité permanente facilite la réactivité face aux retards de paiement et le suivi en temps réel de la trésorerie.
Le logiciel de facturation de Qonto s’adresse avant tout aux entrepreneurs qui cherchent une solution centralisée, sans multiplier les outils. Concrètement, il peut répondre à des besoins différents selon la taille et l’organisation de votre activité :
Ce qui distingue Qonto : la connexion directe entre facturation et compte bancaire, la certification Plateforme Agréée n° 23, et la gratuité d’accès sans condition. Pour les indépendants comme pour les TPE et PME françaises, le logiciel de facturation Qonto constitue un socle solide pour aborder sereinement l’échéance 2026.
Les économies, c’est par ici (si vous ne voyez pas le formulaire d’inscription, cliquez ici) :
